Podrias por ejemplo tener 1 campo con 2 status !
Ejemplo:
Un campo_status que puede ser numerico; cuando creas un campo numerico el numero default es 0, entonces cuando el usuario se registrá en el sistema le cambias el status en la base de datos a 1, y esto indica por ejemplo, que el usuario esta en la base de datos mas no esta activada su cuenta...
Despues le envias el email con un codigo de activación que puedes generar tu mismo, le envias el email con un [http:tu site.com/activacion.php?activación=codigo_de_activación] en el cual el usuario debe hacer click, y el php a donde envias este codigo, te procese la info del usuario y le cambie el estatus nuevamente pero a 2, y eso significa que el susuario ya activo su cuenta .... !
Creo que enrrede la cosa
... espero y entiendas ...
jiji bye