´Tienes que aplicar a tu $registro[0] que usas en la generación del link que pasa "nom" la función urlencode() o urlrawencode() para que interprete y codifique los espacios y otros caracteres que pueda contener tu valor de esa varaible en un formato standard para pasarlos por el URL.
Código PHP:
echo "<tr><td>".$registro[0]."</td><td>".$registro[1]."</td><td><a href=\"principal.htm?nom=".urlencode($registro[0])."&rut=".$registro[1]."&accion=ver\">X</a>";
Un saludo,