El problema de usar esos comandos própios del S.O. es ese mismo ... hace que dependas del S.O. usado en el servidor y que tengas permisos para ejecutar comandos en el mismo (exec() .. etc) .. Esto a veces no es posible sobre todo en configuraciones de PHP tipo "safe_mode" a ON ... (módo seguro).
Por otro lado .. es cierto que la ejecución de un comando o aplicación de ese estilo por parte del S.O. del servidor será más eficiente que hacerlo vía "PHP" ("interpretado").
Un saludo,