Hola, definitivamente no es un problema de PHP, es sólo que no defines el encoding de la aplicación que envías:
Para correos de texto sería algo así:
"Content-type: text/plain; charset=iso-8859-1\n";
Para correos html, podrías utilizar la htmlentities o una función q envié en
http://www.forosdelweb.com/f18/acentos-formato-tengo-que-escojer-262271/
Saludos