Bueno,
Uso un index.php en dónde incluyo los módulos, en index.php he diseñado una tabla en html (el esqueleto de la web, pero no se ve), tiene 3 columnas y varias filas, en cada celda incluyo un modulo. Como verías hay varios módulos a la izquierda y otros varios a la derecha, que se muestran siempre. Lo que hice fué diseñar en cada módulo una tabla en html que es lo que se ve. En la columna del medio (es decir, en la segunda de index.php) escribí una condición para mostrar diversos módulos (secciones de la web) en función de una condición, y esa condición es el valor de la variable 'modulo'; así 'modulo' tomará valores como 'elinks' o 'musica' o 'top'.
Un módulo puede recibir diversas variables, y en función de ellas haré una cosa u otra, por ejemplo, en el módulo 'elinks' la variable que va ha decidir qué mostrar es 'tipo' y en función de si vale 'software' o 'musica' o lo que sea mostraré unos enlaces u otros.
Para generar la ulr la escribo en el href del enlace:
Código HTML:
<a href="index.php?modulo=elinks&tipo=software>Software</a>"
Mira el código fuente de la web y busca la palabra 'menu', un poco más abajo verás más ejemplos de estos enlaces.
Fíjate que todos los enlaces que hago pasan por index.php, que es dónde está incluída la condición para mostrar una u otra sección en función del valor de módulo.
Luego un ? para decir que lo que viene después son parámetros.
Luego un = para asignarle un valor al parámetro (variable)
Para separar los parámetros se usa un &
Saludos.
Por cierto, el enlace que deja PHP Novatillo lo explica muy bien.