Lo de cortar las escenas es relativamente sencillo, para los AVI puedes usar virtualdubmod y para los MPG puedes usar TMPGEnc o Easy Video Splitter. Manuales:
www.mundodivx.com/varios/index.php
Lo de quitar los rótulos ya es más complicado, en general no se puede, salvo que vayas editando imagen por imagen lo cual sería un trabajo de tesis doctoral (imagina que un segundo de video debe tener como unas 25 imágenes, en cuanto tengas un minuto de video te salen 1500 imágenes a ir editando). Si los titulos estuvieran pegados en las bandas negras del video (si las tuviera) entonces hay una forma muy sencilla de quitarlos, pero sólo en ese caso (consiste en "cargarte" la banda negra entera y luego ponerla de nuevo ya sin titulos).
Saludos