El procedimiento completo y efectivo en PHP sería:
proceso.php
Código PHP:
<?
// tu proceso
// redireccion hacia página mensajes
header ("Location: mensajes.php?mensaje=blabla")
?>
Tu página mensajes.php .. muestra tu mensaje y redirecciona vía caberas META de refresh (en el <head>)
http://www.htmlhelp.com/reference/html40/head/meta.html
La idea es "salir" del script de proceso Y NOO mostrar ahí mensajes de error/exito .. sino, si recargas la página volveras a ejecutar el proceso ocasionando por ejemplo registros duplicados, envios de e-mails duplicados .. etc.
Si usas ventanas y quieres hacer referencia a recargar la página padre .. o cosas así debes indicarlo .. por qué la solución no sería con PHP y su header("location...") para redireccionar .. sino completamente vía javascript.
Un saludo,