PHP con IIS -debe- funciona en Windows .. ahora .. si te refieres si PHP bajo IIS es la mejor opción .. Pues a nivel de rendimiento es mejor opción usar PHP bajo Linux y como servidor HTTP Apache, pero no es la mejor solución para a su vez conectarte a MS SQL Server. En ese caso mejor todo en Windows como pretendes usarlo, funcionar .. funciona .. ahora, como te he comentado se obtendría algo más de rendimiento bajo linux todo y usando Apache.
Puedes usar Apache también bajo Windows sin problemas (versión 2.x de apache puede funcionar como servicio de windows ..) y conectarte a MS SQL Server sin problemas hasta con funciones nativas (con sus extensiones
www.php.net/mssql ...)
Un saludo,