Tal vez insertando tu archivo SWF en una archivo HTML y en esta pagina hacer que se vea a pagina completa para que no se vean los bordes de la venta y asi se abraen toda la pantalla, una vez hecho este desde tu archivo flash crear el link hacia el PDF y este se abrira en una ventana del IE sin problemas, espero te sirva, si no mandame un mensaje y te enviare uno de prueba para que lo veas que si sirve...
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