Segun entiendo, decis que te guarda digamos solo el "\r" en vez del "\r\n"...
Proba con esta función a ver si el lo que queres:
Código PHP:
//Suponiendo que tu texto este dentor de $texto...
$texto = nl2br($texto);
echo $texto;
http://ar2.php.net/nl2br
Saludos.