Mmmm, bueno, es una pregunta tan general y creo que hay tantas formas, supongo que el propio php tendrá funciones de "parseo" de archivos planos, podrías pensar en usar XML y el parserXML de php, pero lo mismo es muy complicado.
Desde luego tendrás que usar expresiones regulares para parsear ese archivo de texto plano y que este, evidentemente, tenga una estructura lógica.
Pásate por el manual de php o busca en el foro por expresiones regulares, parsear, etc...
http://www.forosdelweb.com/search.php?searchid=216132 Manual de PHP(Es) Buena ayuda sobre Expresiones Regulares