al tener el menu en la capa de la cabezera, tendras que linkar el menu de la siguiente forma:
<a href="indice.php?mod=menu1">menu1</a>
donde 'mod' es una variable que le pasaras al indice.php.
entonces en el indice pones esto al principio:
$modulo= $_REQUEST['mod'];
if(empty($modulo))
$modulo=DEFECTO;
//DEFECTO es el cuerpo que le kieras poner por defecto
$path_modulo = $modulo.".php"
include($path_modulo);
la primera parte te mira si le has pasado algun valor, sino te pone uno por defecto.
el segundo valor simplemente esel include del modulo que le quieras pasar. Este include lo tendras que meter dentro de la capa correspondiente ( o sea el cuerpo)
PD: no se si te servira de mux aayuda pero asi es como yo lo hago.