Todo depende de la estructura y/o diseño de tu sitio, pero generalmente lo que se hace es diseñar el sitio para la resolucion mas utilizada (por ahora 800x600) y se coloca todo dentro de una tabla alineada al centro, exactamente como este sitio.
<table width="100%" border="0" cellspacing="0" cellpadding="2"><tr><td align="center"><a href="http://www.cicpm.org" target="_blank"><img src="http://www.amsystems.com.ar/imagenes/fw/firma2.gif" border="0"></a></td></tr></table>