Todo lo que tienes entre <? ?> al ser "PHP" ha de ejecutarse .. así que debes llamarlo .php (al script en concreto) ..
Ahora .. si quieres llamarlo en una página HTML .. puedes hacerlo tipo:
Código PHP:
<script languaje="javascript" src="tu_script.php"></script>
Eso sí .. la salida que genere "tu_scrip.php" tiene que se "lanzada" desde javascript tipo:
Código PHP:
$php_variable="blablabla";
echo "document.write('".$php_variable."')";
Que a su vez la "salida" que generes sea HTML, javascript o cualquier otra cosa "del lado del cliente" es lo de menos, sólo tendrás que tener cuidado con la sintax (en especial comillas ..) cuando las requieras.
Un saludo,