Algo se notará cuando lo comprimas, como tú bien dices si comprimes poco se notará menos la pérdida. Mejor es que lo pruebes.
Otra cosa, creo que el dvd shrink no admite ISO. Lo que sí puedes hacer es extraer con el dvd decrypter todos los ficheros del DVD (todos todos, no te dejes ninguno sin seleccionar) y luego usar la opción de abrir ficheros. Es lo mismo que si abres directamente el dvd desde el lector, pero mucho más recomendable dado que así no haces trabajar excesivamente al lector.
Saludos