Fijate que ambos checkboxs tienen el mismo valor "Si". Por otra parte, para lo que necesitas no hace falta ponerle ningun value a los checkboxs.
Si esta seleccionado te va a llegar como "on" sino vacio.
Hace esto
Código PHP:
if($i!=4){
echo "<td>",$salida[$i],"</td>";
}else{
echo "<td>";
//Si viene como si, le indicas que lo chequee, sino se lo sacas
if($salida[$i] == 'Si')
$check = "checked";
else
$check = "";
//Haces un solo checkbox
echo "<input name=ident[$salida[0]] type='checkbox' $check>";
}
echo "</td></tr>";
}
Cuando recibis los valores haces esto
Código PHP:
foreach ($_POST['ident'] as $indice => $valor) {
if($valor)
$valor = 'Si';
else
$valor = 'No';
$resultado=mysql_query("UPDATE $tabla SET pago='$valor' WHERE DNI='$indice'", $conexion);
}
Suerte