Bueno .. si el objetivo es proteger tus aplicaciones .. lo mejor es que uses cosas codificadores como el que ofrece Zend .. siendo tus aplicaciones seguras (por completo no sòlo segmentos de código sino todo) .. además que te dedicarías a programar en PHP exclusivamente .. :
Zend Encoder.
http://www.zend.com/store/products/zend-encoder.php
Eso te permite distribuir aplicaciones con código psudo-compilado .. eso sì .. requiere que tu servidor donde corres PHP tenga instalado la extensión correspondiente que proporciona el "Encoder" de tu aplicaciòn PHP.
Por si no lo conoces .. Zend es la empresa que se dedica a "profesionalizar" PHP en el aspecto de aportar IDE's de desarrollo, aceleradores para PHP, certificación .. etc.
Un saludo,