Puedes utilizar un foreach para recorrer el primer array línea por línea.
Código PHP:
$lineas = file("usuarios.txt");
$registro = array();
foreach($lineas as $linea){
$registro[] = explode("|", $linea);
}
Así, al final tendrás un array bidimensional, donde el primer índice es el número de línea y el segundo el índice de campo.
Código PHP:
echo $registro[3][2]; // imprimirá login3.cfg
Saludos
