Genera el PDF con librerias como:
R&OS
FPDF
(usa google .. sus páginas web oficial salen rápido).
Vía PHP vas a obtener tus datos de tu BD y vas a componer ese PDF .. terminado ese proceso puedes guardarlo en el Servidor .. ofrecerlo para descargar al usuario .. etc. y en general administralo como si de cualquier otro archivo se tratase .. tanto guardando referencias en una BD del archivo (nombre) generado .. como trabajarlo en binario completamente sobre tu BD).
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Ahora .. bien . .no entiendo el objetivo de generar ese archivo:
Cita: "lo que quiero es poder guardar es informe una vez que los usuarios sean dados de baja de la base de datos.
Te lo comento por qué esos datos podrían quedar igualemente en tu BD .. o incluso "repicarlos" hacia otras tablas o BD para que queden almacenados pero no disponibles para el resto de la aplicación .. Es decir . .que no sean usados por ella pero por otra aplicación especifica para leer ese tipo de datos "borrados" los veas con las mismas rutinas que ya usas para ver los que realmente han de usarse.
Todo esto se puede gestionar con "flag" de estado del registro (1 .. disponible 0 borrado) .. sería un borrado "lógico" no físico de tus registros en base a ese campo extra en tus tablas para cada registro.
Un saludo,