aaa ya entendí, no te funciona por las comillas ;), probá haciendo así:
Código PHP:
echo '<font size=\"2\"><b>Últimas especies añadidas</b><br><br>';
while($row = mysql_fetch_array($RecordsetN)){
echo '<a href=\"../Consultas/Ficha.php?Especie='.$row['Especie'].'\" onclick=\"NewWindow(this.href,\'Especie\',\'800\',\'500\',\'yes\',\'c enter\');return false\" onfocus=\"this.blur()\">';
echo $row['Especie']."</a> ";
if ($row['Nombrecomun']!="") echo "<font color=\"#000000\">, ".$row ['Nombrecomun']."</font>";
echo "<br>";}
EDIT: corregida línea 1.
Suerte
Fede