Moebius, como te dijeron arriba, no importa con que programa hayas diseñado tu sitio, lo puedes subir con cualquier programa (aunque el dreamweaver tiene un cliente FTP propio, un poco complicado de usar si no estás muy ducho con el programa)
Un Freeware que te recomiendo (igualmente no tiene muchas opciones) es el FTP Explorer que lo puedes bajar de cualquier página de download o de su sitio en www.ftpx.com)
Suerte.
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