En cuanto a los tamaños que vas a manejar: si optimizas para 1024x768 quedan fuera los usuarios que te veran en 800x600. Puedes optimizar para ambas resoluciones, osea partiendo de 800x600 y resoluciones mayores..Como se hace esto??
Primero: tu swf que sera incrustado en un html debera ser optimo para 800x600, que seria la menor resolucion desde la que partiremos. Osea que tu swf no debera superar un ancho de 780 px (resto el srcoll en caso de ser necesario)(tu swf puede ser de 760px por ejemplo) y un alto de aproximadamente entre 450 y 550 px; esto depende mucho de las barras de herramientas que tengan activadas los usuarios, en caso de no verse completo o de utilizar tamaños superiores se activara la barra de scroll vertical.
Segundo: para centrar el swf incrustalo en una tabla (html) centrada en la pagina (en cambio de usar tablas puedes hacer lo del centrado puramente con Css [estilos de cascada] que es mas conveniente, pero esto es otro tema).
Un ejemplo de dimensiones lo puedes ver en
esta web que esta dentro de los parametros que hablamos.
Te aclaro; esta es una forma de diseñar de tantas que hay, podras aplicar otros formatos como por ejemplo hacer que la visualizacion se adapte a la pantalla segun su resloucion y muchas mas, pero esta ahi la decision de cada diseñador. Esto es un tema que siempre se debatirá, pero es muy relativo.
Saludos.