Y hasta el momento .. que usas (técnica/classe .. código) para generar tu .XLS? .. te lo comento por qué lo "básico" es crear una estructura de tabla HTML para que Excel lo reconozca como "filas y columnas" .. pero eso no te dá control para otras cosas como "saltar página" .. o definir "libros" y otras propiedades de las celdas y demás de un .xls normal con su formato própio.
En sitios como
www.phpclasses.org tienes algunas classes más elavoradas para generar un .XLS con más propiedades que puedas ajustar del mismo (no sé hasta donde llegará la implementación).
En este mensaje .. tienes una classe (sin documentación ni ejemplos a la fecha) para genearar un .XLS con mejor formato (pero no la he estudiado a ver si soporta lo que quieres hacer ..)
http://www.forosdelweb.com/f18/php-con-excel-276264/
Un saludo,