Pues en el script PHP (imagino que el archivo lo quieres subir desde WEB, con PHP) has que al comienso cambie los permisos a 777 y al final del script vuelves a los permisos originales.
Ej: chmod( "/somedir/somefile", 0755 );
chmod( "/somedir/somefile", 0777 );
http://ar2.php.net/manual/es/function.chmod.php
Saludos