Hay una forma de poner el logo, pero te obliga a recomprimir la película en caso de que ya la tengas hecha. Se haría con virtualdubmod añadiendo el filtro "Logo", que sirve para añadir un logo en alguna parte del video, como el de las televisiones.
La forma de hacerlo sería abrir la película con virtualdubmod, añadir el filtro logo y configurarlo a tu gusto, luego configurar la recompresión del video (codecs, bitrates, etc.) y finalmente guardarlo. Te llevará varias horas cada pelicula. Es muy parecido a lo que pone aqui:
www.mundodivx.com/subtitulos/avi.php Solo que ahí se usan los filtros resize y subtitler para subtitular, en tu caso no añadirías esos filtros y en su lugar usarías el filtro logo. El resto es igual, todo lo de la recompresión con divx o xvid te servirá.
Saludos