Estoy tonto ya lo solucionao la linea
echo "<a href=\"algo.php?user=".urlencode(trim($linea))."\" ><br>";
la cambie por :
echo '<a href="algo.php?user='.urlencode(trim($linea)).'">' .urlencode(trim($linea)).'</a><br>';
si no hay texto para enalazar es normal que no muestre nada xD
Gracias por la ayuda :)
Y otra pregunta puedo hacer que lo ordene alfabeticamente la lista?