Ayuda urgente

[TBS]

Estoy haciendo un template desde cero, me gustaria saber de que forma puedo cargar el menu principal y cargar los contenidos con HTML "personalizado". He encontrado codigos como este

Código HTML:

<jdoc:include type="component"  /> 

Pero que no me agrada para nada el output que genera :( por eso quiero algo que pueda ser mas manipulable, PHP directamente si es posible.

Notengo idea!