Problema al insertar iframes en DIVS

[josedeibys]

Hola muy buenas a todos. Llevo un par de días trabado en el proyecto que estoy haciendo, he buscado información tanto en español como inglés pero no doy con una posible solución.

Os cuento: Tengo un DIV ('capa') donde voy cambiando el contenido con getElementById('capa').innerHTML. Funciona perfecto, pero cuando el contenido es un iframe, un código embebido o similares (<object> por ejemplo) me cambia el código, me lo reordena. Y necesito que no me lo cambie porque en la aplicación comparo lo que tengo originalmente con lo que hay actualmente en la 'capa'.

Os pongo un ejemplo de lo que hace:
Si tengo esto: <iframe width="400" height="200" src="https://www.youtube.com/embed/-3bKJZxBrMI" frameborder="0" allowfullscreen></iframe>

Me lo cambia por esto: <iframe src="https://www.youtube.com/embed/-3bKJZxBrMI" allowfullscreen="" frameborder="0" height="200" width="400"></iframe>

Como podeis ver, el width y el height están cambiados de sitio, así como el allowfullscreen al que se le ha añadido ="".
Quiero que no se cambie, que lo muestre tal cual.

El valor del DIV lo cambio con el siguiente código:

Código:

document.getElementById('capa').innerHTML = embed;

donde embed lo extraigo de un archivo XML que tengo de la siguiente forma:

Código:

var embed = anotaciones[cent].getElementsByTagName("embed")[0].childNodes[0].nodeValue;

¿Alguien me puede hechar un cable? ¡¡No sé cómo continuar!!!