Problema con ksoap2 transfiriendo ficheros

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Hola, estoy creando una aplicacion para enviar y recibir ficheros PDF desde un webService, pero la verdad es que estoy un poco perdido y no se porque tengo los problemas que me está dando.

Este es el codigo que tengo en android:

Código:

String fichero=org.apache.commons.io.FileUtils.readFileToString(file);
new SubirFichero().execute(fichero, file.getName()).get();

private class SubirFichero extends AsyncTask<String, Void, String> {
		@Override
		protected void onPostExecute(String result) {
			super.onPostExecute(result);
		}
		@Override
		protected String doInBackground(String... params) {
			try {
				MarshalBase64 b = new MarshalBase64();
			    byte[] fichero = params[0].getBytes();
				request = new SoapObject(NAMESPACE, Constantes.METHOD_NAME_SUBIR_FICHERO);
				request.addProperty("arg0", gson.toJson(cliente.getCliente()));
				request.addProperty("arg1", fichero);
				request.addProperty("arg2", params[1]);
				SoapSerializationEnvelope sobre = new SoapSerializationEnvelope(SoapEnvelope.VER12);
				sobre.setOutputSoapObject(request);
				b.register(sobre);
				HttpTransportSE androidHttpTransport = new HttpTransportSE(URL);
				androidHttpTransport.call(Constantes.SOAP_ACTION_SUBIR_FICHERO, sobre);
			} catch (IOException e) {
				e.printStackTrace();
				return null;
			} catch (XmlPullParserException e) {
				e.printStackTrace();
				return null;
			}
			return "";
		}
	}

si lo hago asi se envia (por lo menos no da fallo), pero cuando el servidor tiene que crear un archivo con esos datos no lo hace bien y no se porque

Este es el codigo del servidor:

Código:

@WebMethod(operationName = "subirFichero", action = "urn:SubirFichero")
	public void subirFichero(@WebParam(name = "arg0") String clienteCIF,  @WebParam(name = "arg1") byte[] buf, @WebParam(name = "arg2") String nombreFichero){
            Gson gson = new Gson();
            Cliente registroNuevo = gson.fromJson(clienteCIF, Cliente.class);
            Adjunto adjunto=new Adjunto();
            AdjuntoPK adjuntoPK=new AdjuntoPK();
            adjuntoPK.setCIFCliente(registroNuevo.getCif());
            adjuntoPK.setNombreFichero(nombreFichero);
            try {
				adjuntoPK.setFichero(new SerialBlob(buf));
				FileUtils.write(new File("E:/"+nombreFichero),new String(buf));
				
			} catch (SerialException e) {
				e.printStackTrace();
			} catch (SQLException e) {
				e.printStackTrace();
			} catch (IOException e) {
				e.printStackTrace();
			}
            adjunto.setId(adjuntoPK);
            em.getTransaction().begin();
            em.persist(adjunto);
            em.getTransaction().commit();
            if (em.getTransaction().isActive()) {
                em.getTransaction().rollback();
            }

Alguien me puede ayudar? Que alternativas puedo tener para seleccionar un fichero en la aplicacion de android, enviarlo al servidor y almacenarlo en la BBDD, y mas tarde recuperar ese fichero y abrirlo en la aplicacion.

Gracias