Puesto a "Aconsejar" .. Lo primero es saber como va tu "negocio" hablando como "negocio" a lo que debe hacer tu aplicación .. ver como se organizan tus productos .. que relaciones guardan entre ellos .. como defines los precios .. por donde .. quien lo hará .. como generas las cotizaciones .. donde se registraran (enviar un e-mail es una solución .. pero en la práctica un sistema así no es viable a nivel luego de dar estadísticas sin ir más lejos ... )
En fin . .todo esto es para "definir" un "modelo de datos" que se ajuste a tus necesidades .. esto con "lápiz y papel" .. de ahí saldrá tu "Base de datos" con las tablas que requieras y relaciones entre estas. Despues puedes ir generando las sentencias SQL que manejen tu sistema ..
Más adelante vendrá "PHP" que lo único que hará es "consultas" a ese "modelo de datos" .. (a tus BD), tal vez en PHP te hará falta conocer algunas cosas que este tipo de sistemas usan como por ejemplo "sesiones" .. "arrays" (para crear un carrito de compra/cotización) y todo lo necesario para gestionar tus BD y como obtener/ingresar datos bajo el "modelo" de datos que definas ..
Esto a grandes rasgos sería el prodedimiento a seguir .. NO empieces la casa por el tejado (ya lo estabas haciendo dirigiendo tu pregunta al foro de PHP .. que es el "último" paso en todo esto).
Si no conoces sobre "Base de datos" .. tendrás que aprender de ellas .. cuanto más mejor .. mejor será tu aplicación .. más cosas podrás hacer con los datos sin cambios drásticos .. etc .. Si no conoces "PHP" .. lo mismo .. empieza por otro tipo de proyectos más básicos; eso te dará la experiencia de enfrentar uno "grande" como el que pretendes implementar.
Y .. bueno . .como suele pasar .. casi todo ya está más que inventado .. así que podrías tomar algún sistema ya hecho de estas características (en
www.hotscripts.com los puedes ver) y ver como funciona el tema .. pero, por supuesto hacer "ingenería inversa" (del código -> ver como se comporta o que hace) es muchoooo más complicado si no se tiene cierto conocimiento, a lo sumo de algo ya hecho podrás ver el "flujo de pantallas" .. ver como se vinculan productos .. como se muestran .. en definitiva el "procedimiento" de "cotizar" por este médio.
Un saludo,
Casi como crear un programa en la web 
. Respecto a lo del "problema"... sencillo resolverlo... hay que ponerse a buscar y a leer... Sí he visto algo parecido... No, no lo he necesitado, no lo he buscado... pero probablemente habrá una aplicación prefabricada. Busca en su respectivo foro: 
