PHP es un lenguaje de scripting, es decir q te permitirá realizar lo q se llama páginas dinámicas. Para darte un ej. puedes hacer, junto a MySQL (Base de datos), un sistema de identificación de tus navegantes mediante un sistema de nombre de usuario y contraseña.
Según quien sea el navegante, podrías mostrar el contenido q solo a el mismo le interesa, por ej. con tu base de
www.upc.es, a cada usuario les podrías mostrar solamente los cursos q esten relacionados con sus estudios.
Esto es solo un ejemplo, el HTML deberás de usarlo, PHP no es lo ideal para "maquetar" el sitio, es decir el diseño en sí.
Podrías usar flash (Actionscript) o xml junto a CSS y xslt en lugar de HTML, y no se me ocurren más pero hay...
Yo, particularmente, uso MySQL como Base de Datos, PHP como lenguaje de scripting (también puedes usar ASP aunque no lo recomiendo), CSS para darle estilo, ya sea a las fuentes (tipos de letras) o a las tablas, junto al clásico y viejo HTML.
Código PHP:
<html>
<head></head>
<body>
<?
$world = "Hola mundo";
echo $world;
?>
</body>
</html>
Es lo mismo q
[PHP]
$world = '<html><head></head><body>Hola mundo</body></html>';
echo $world;
[PHP]
Cuando empiezas a desarrollar un sitio, la mejor forma q conozco es de abajo hacia arriba, es decir primero q es lo q quieres hacer (vos ya lo tenes "algo como upc", si vas a usar Bases de Datos, debes definir, en primera instancia cual usarás, luego q datos vas a guardar en la misma para poder crear las diferentes tablas con su respectivos campos, luego deberás decidir q lenguaje de scripting usar, personalmente creo q a PHP no hay con q darle, y recién ahí ver la "estética" del sitio.
Debes tener otros puntos, no todos usamos IE, yo, por ej., uso Firefox
Saludos cuidate
La verdad dudo que optengas resultados óptimos a corto plazo (empiezas desde cero), así que igual podrías utilizar una aplicación prefabricada (¿conoces php-Nuke?)... quizá en 
