La función
isset simplemente te mira si una variable ha sido o no definida. Realmente, no sé a qué te refieres con la pregunta de si se debe utilizar para todas las variables. Se deberá utilizar para las que no son controladas por ti. Esto no tiene sentido:
Código PHP:
Ver original$variable = "Hola";
// Aquí nunca va a entrar, porque acabas de definirla.
}
En cuanto a los valores que te vienen de los usuarios, pues como tú veas, unas veces tendrás que comprobarlo y otras no, depende de cada aplicación. No se puede generalizar.
Un saludo.