Tienes "ofuscadores" de código que lo que hacen es "ilegible" tu código .. pero igual es funcional y con "muchaaa" paciencia podrían "des-ofuscar" tu código.
Luego están los "psudo-compiladores" de código en el lado del servidor .. Pero para esto último dependes del servicio de hosting que use tu cliente final (o tu mismo) para poder usarlo (necesitaría tener instalado ese módulo/extensión bajo PHP . y .. la verdad no es muy común verla). Me refiero a:
Ofuscadores:
POBS
http://pobs.mywalhalla.net/
"psdo-compilador" (no sé como llamarlo)
Zend Encoder (del paquete Zend Safeguard que ademas incluye un gestor de licencias con tiempos de expiración y demás ...)
http://www.zend.com/store/products/z...uard-suite.php
Pero, ojo.. insisito que esto depende que puedas "venderlo" así .. si el servidor de tu cliente usa dichas extensiones para PHP (que són de pago y por eso no són comunes verlas en servicios de hostign)
Un saludo,