Problema php.ini o httpd.conf

[chr_c]

Tengo un problema que realmente no se donde esta si en el httpd.conf o en el php.ini.
Si bien ambos funcionan perfectamente, el problema radica con los Virtual host. Estos funcionan, estan bien configurados aunque solo en el raiz del sitio de virtual host.
Ejemplo

<VirtualHost *>
DocumentRoot /usr/local/www/ejemplo
ServerName ejemplo
</VirtualHost>

tengo configurado el dns y esas cosas, entonces cuando en mi browser escribo "http://ejemplo" me trae perfectamente el "http://ejemplo/index.php". El problema es con todas y absolutamente todas las direcciones dentro del sitio. Veamos, si escribo "http://ejemplo/unacarpeta/index.php" el servidor me redirecciona al index.php que se encuentra en el / del sitio, es decir "http://ejemplo/index.php".

Ya no se que ver o probar, no tengo referencia de que puede ser.

alguna idea???