Aquí os dejo un enlace a una presentación tipo PowerPoint (pero online) donde se explican algunos errores de seguridad en PHP bastante comunes. Aunque está en ingles merece la pena leerlo y entenderlos (a mi al menos me ha interesado mucho y ahora mismo me pondré a solucionar algun detalle de mi proyecto!).
http://brainbulb.com/talks/php-security-by-example.swf
Espero que os sirva!
Saludos y suerte,