Foros del web, para los que viven de bits

Disculpen estoy desarrollando un sistema en PHP y MSQL, mi problema es el siguiente este sistema se alimentad e archivos que cargoa la BD, son 6 las tablas principales, les dire que tengo data desde el 21 de julio y llevo 22,000,000 aunuqe parezca exagerado eso es lo que tengo, como sabia el script de carga y de algunas consultas duraria mas de lo podria soportar el php por defecto para esto hice los siguientes cambios en el php.ini:
max_execution_time = 3000 ; Maximum execution time of each script, in seconds
max_input_time = 300 ; Maximum amount of time each script may spend parsing request data
memory_limit = 15M ; Maximum amount of memory a script may consume (8MB)
upload_max_filesize = 15M ; Maximum allowed size for uploaded files.
con esto el sistema soportar cargas de muchos tiempo y archivos pesados, cuando trabajo en localhost, no hay problema, gueno ni tanto pero he intentado correr el sistemas desde estaciones de la red local y se queda a medias la carga de la pagina pero si termino la carga de la data, el problema mayor es que cuando uso tambien el phpmyadmin me sale una pantalla ploma diciendo que no se encontro la url y esas cosas, mi consulta es:
1- Que recomendaciones me dan para optimizar mis consultas o que debo hacer en mis basesd e datos para mejorar la performance.
2- Debo modificar algun archivo del apache y del phpmyadmin para que soporte largas consultas o script que duren m,ucho.
Les agradecere a todos su ayuda...