Desistalador de Archivos

[wifly111]

Hola estaba buscando la manera de tener un desistalador de archivos, que me desistale archivos salteados entre subcarpetas, no se si me he explicado bien por lo que he hecho un pequeño grafico para poner en situacion. Quiero tener dicho desistalador por que es algo que voy a estar quitando y poniendo (el instalador ya lo tengo hecho) y son 99 carpetas con 2.000 y pico archivos para quitar y seria facil de quitar si no se inatalaran entre otro archivos importantes, pero tiene que ser asi por que son archivos para añadir cosas a un programa. Espero que alguien me pueda ayudar, Gracias