Foros del web, para los que viven de bits

Hola, espero que alguien pueda ayudarme con el siguiente problema:
Tengo un programa en Java que mediante Runtime.getRuntime(....... me ejecuta un script (sh en Linux). Este script lo que hace es mediante el comando: mysql -X -e .... genera un XML
Bien , hasta ahi todo bien. El problema surge cuando voy a recuperar este XML desde un XSL para mostrarlo. Ya que no lo toma. Tengo que abrir a mano yo el XML hacer algo, deshacer (queda todo exactamante igual a como estaba ) y guardar. Y recien ahi lo toma.
Alguien tiene idea de a que se puede deber esto ?? Gracias

hola, bienvenido a los foros, me imagino que debe ser porque está mal guardado, debe guardarse siempre en formato ASKII, texto plano, si está así no debería de fallar el XML...

Fijate bien si guarda el XML en texto plano

Saludos