mira lo que dice wikipedia sobre el tema...
http://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%B3digo_libre
ahora si Linux presenta incompatibilidad con programas pues depende de que programas uses, hay algunos que tienen una versión para linux, ademas hay muchos programas que son alternativas a los comerciales por ejemplo para el Office tienes el OpenOffice para el Messenger tienes el Pidgin, para el Outlook tienes el Thunderbird / Evolution, entre otros, y por si fuera poco tienes el Wine que es un emulador para correr aplicaciones Windows en un Linux, obviamente no todos los programas funcionan
.
si usas solamente Linux prácticamente no necesitas un antivirus, pero existen algunos disponibles en caso compartas información con maquinas Windows o tengas ambos SO en tu maquina, esto para evitar que la maquina/partición con Windows se infecte en caso no este protegida.
si quieres probar alguna distro linux, no se si con todas por lo menos con Ubuntu, Mandriva, Debian, openSuse (calculo muchas mas) puedes descargar una copia de su web y en algunos casos pedirla y te mandan los CDs gratis, eso si te llegan después de 45 días
, en todo caso si dices en que país estas tal vez alguien pueda alcanzarte alguna copia.
ahora volviendo al tema inicial,
si dices que maquina tienes en caso que te quedes con Windows, ver que versión te iría mejor.