Si los ibas a pasar a MPEG-2 no lo hagas en SVCD pq no es compatible, pero sí puedes hacerlos en CVD que es similar al SVCD y sí es compatible (la diferencia es la resolución horizontal que es de 480 en SVCD y 352 en CVD)
De todas formas ni siquiera te hace falta pq el TDA te admite sin problemas los MPEG-1, lo que sucede es lo que deciais que hay que poner el audio a 48 kHz y no a 44.1 kHz que es como vienen por defecto los MPEG-1, pues el TDA lo que hace es recomprimir el audio y de ahí el aumento de tamaño.
Simplemente tienes que demultiplexar el audio actual con el tmpgenc encoder (desde file -> mpeg tools -> simple demultiplex) y recodificarlo con el mismo bitrate pero a 48 kHz. Luego en el tmpgenc dvd author añades tu vídeo y cargará el audio que trae, pero se lo puedes cambiar y poner el que acabas de recodificar, con lo cual te ahorras también el paso de multiplexarlo de nuevo
Saludos