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Hola amigos, resulta que me descargué la version 4.0.2 de Knoppix y lo probé en una máquina ajena a la mía (la mía no tiene CD-ROM), y no se si esta ya tenía una particion adicional de 15Gb en formato NTFS, así que, un poco asustado, les pregunto si Knoppix crea particiones y al ir explorando el disco duro crea copias de las carpetas, porque las mismas de la partición C: están en el D:, bueno, algunas.
Gracias por sus respuestas.

No, Knoppix ejecutado como LiveCD no toca tu disco duro, está diseñado para evitar que metas la pata con él. Una vez que sacas el disco de Knoppix de la bandeja del lector, tu sistema sigue siendo exactamente igual a como era antes de probar Knoppix, el sistema permanece intacto.

Para poder realizar cambios en el disco duro deberías adquirir privilegios de root, desmontar la partición a mano, y volverla a montar a mano con privilegios de escritura. Si hubieses hecho algo así te habrías dado cuenta.

Ya antes había entrado a esa máquina, pero no recuerdo haberle visto la partición, o no se si es partición o otro disco duro, el caso es que hay otra unidad lógica NTFS con una copia de archivos como la de la unidad C:, quizá sea un backup.
Bien, gracias por la repuesta Defero.tk, gracias por responderme de nuevo!