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Actualmente tengo una instalación dual W98se y Xp, ahora que ya tengo solucionado la compatibilidad de algunos periféricos deseo eliminar la instalación del W98 que se encuentra en C y mover allí la instalación del Xp .Logré hacer una copia de la instalación del Xp eliminado todas las carpetas de C (dejando intactos los archivos del directorio raíz), luego copié todos los archivos de "F" a "C" y modificando el Boot.ini, esta instalación del Xp funciona perfectamente, pero el problema radica en que si elimino o formateo la partición original del Xp, el sistema no arranca , probé hacer una reparación de la nueva instalación , el proceso comienza normalmente y luego se estanca faltando 27 minutos y no avanza mas.
Otra cosa, tampoco puedo convertir C a NTFS y además me genera una partición no asignada de unos 7 megas imposible de poder juntar con C.

Esa partición de unos 7 Mb la tiene todo el mundo, no te preocupes por ella. Primero trata de hacer una imagen del windows XP con programas como Northon Ghost, Acronis True Image o Drive image (éstos son de pagos pero los hay gratuitos). Luego esa imagen restaurala en la unidad C... Por cierto para convertir la unidad C a NTFS echa un vistazo a ésto.

Gracias por responder, voy a intentar hacer la conversión previa a la restauración de la imagen creada con "Drive Image", ya había intentado este método, pero daba error, si aún así sigue sin poder restaurarse en C, intentaré con N.Ghost.
Otra cosa, se me ocurre que el problema tal vez se deba al mbr que según tengo entendido por estar en la pista 0 no es afectada por los procesos anteriores, ¿sería necesario borrar previamente el mbr y como se hace?, gracias nuevamente.

Ummm no creo que sea la MBR, si no ni tan siquiera arrancaría...