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Que clase de problema con los cluster?
tenes el disco dañado?

si es eso si lo podes hacer, sino no te conviene (es solo problema de velocidad), si necesitas ayuda contactame

Suerte

hola, A pesar q quieres dejar el drive C: solo con DOS, no creo q sea posible separar DOS y poner el windows en una nueva particion, almenos q pongas solo DOS 3.2.1 como S.O separado del winX, poniendo asi cada uno de ellos en una distinta particion. y no creo q la memoria virtual soporte ese comando de poner solo el DOS estarias tratando de dividir la instalacion del winX? no suena muy concreto, pero si lo q tienes es un problema de clusters? te recomiendo hacer una defragmentacion en modo safe para q se reacomode tu disco duro, y a la vez hacer un scan disk de todos los drivers, empieza por ahi,
siendo mas claro, lo q hace las particiones es darte la opcion de con q tipo de sistema operativo quieres empezar al momento de prender tu PC, no se el limite pero, ese no es el caso, siempre, todo S.O correra por media del disco duro, por eso te repito q hagas una defragmentacion del mismo,
y empieza desde ahi,
suerte

JLGPIÑA.

PD: si tienes otro disco duro, si se te hace mas simple si, si puedes poner el winX en otro sitio pero hara la misma funcion.
simple.

Cosas que debes tomar en cuenta...
Tu HD está particionado por lo que es UN SOLO HD. Si tiene sectores defectuosos, estos pueden aumentar dañando más secciones del HD por lo que dañará otras particiones.

Instalar el SO en otra partición? Claro que se puede. Cuando un HD está particionado o tenes varios, se puede asignar cualquiera como partición activa. Si no sabes que es, te lo explico como la parte donde va a iniciar primero C:, D:, E: etc (en HD).

Si vas a dejar C: como partición activa (está así por defecto) y queres instalar en otra sección del HD, te aconsejo formatear C: y después la partición donde vas a instalar. Al momento de estar instalando y te diga la ruta donde vas a quedar tu 98 te va a mostra C:\WINDOWS, le cambias esa ruta a F:\WINDOWS. Con eso se va a instalar tu SO en F: pero la parte de BOOT (inicio del sistema) va a quedar siempre en C:. Algunos de esos archivos son COMMAND.COM, AUTOEXEC.BAT, SYSTEM.INI, MSDOS.INI, CONFIG.SYS y otros ocultos, por lo que NO TENES NI DEBES borrar nada de C: ya que si lo haces, tu SO no iniciaría teniendo que instalar nuevamente o pasarle el sistema en C: nuevamente.