Foros del web, para los que viven de bits

Hola, llevo un tiempo haciendo pruebas con hibernate y proyectos java normales (no basados en web). EL caso es que todo funciona bien, pero me gustaría saber si es posible crear tanto la base de datos como las tablas desde el mismo programa java y cómo, para que no se sobreescriban las filas de las tablas.

Gracias.