Foros del Web - Problema jsp y xsl

Buenas a tod@s,

Estoy haciendo una aplicacion en jsp y tengo una serie de mensajes y grids que los genero con xml y xsl. La cuestión es que al agregar a los xsl archivos javascript como

<script src="./jscript/general.js"></script>

o al añadirle hojas de estilo no me los coge y antes si me los cogia.
Por ejemplo

<?xml version='1.0' encoding="ISO-8859-1"?>
<xsl:stylesheet xmlns:xsl="http://www.w3.org/1999/XSL/Transform" version="1.0">
<xsl:output media-type="text/html"/>
<xsl:template match="/">

<HTML>
<HEAD>
<TITLE></TITLE>
<script src="./jscript/general.js"></script>
</HEAD>

<BODY onLoad="parent.ocultarEspere();">

<script>
mostrarMensajeXML ('<xsl:value-of select="//mensaje"/>','<xsl:value-of select="//codigo"/>', '<xsl:value-of select="//tipo"/>');
</script>

</BODY>
</HTML>

</xsl:template>
</xsl:stylesheet>

Al transformar este xsl el codigo fuente que me genera es el siguiente
<HTML>
<HEAD>
<META http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=UTF-8">
<TITLE></TITLE>
<script></script>:neurotico
</HEAD>
<BODY>
<script>
mostrarMensajeXML ('No existen registros con los criterios de busqueda introducidos.','7', 'B');
</script>
</BODY>
</HTML>

La insercion del javascript se la salta!!!!! Y en otros xsl con css me pasa lo mismo.

Alguien tiene alguna idea de porque puede ser esto¿?
Tiene algo que ver con el TomCat¿?¿?

Muchas gracias y saludos.