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Hola He reinstalado mi server, actualizando todas las versiones puse Apache 2.0.52, PHP 4.3.9, MySql 4.0.21 y phpMyAdmin 2.6.0, tenia versiones viejitas en mi server, Apache 1.3.13, PHP 4.0.0 y MySql 3.22.21, Todo funciono aparentemente con la configuarcion pero realmente no, tengo varias aplicaciones en php y me muestra la primera pagina por ejemplo pero si quiero, ir de ella a otra que ligue ya no puedo, se queda en la actual, y ademas cuando verifico las bases de datos desde phpmyAdmin me da este mensaje de error
The additional Features for working with linked Tables have been
deactivated. To find out why click here.
Y cuando voy a ver detalles
PMA Database ... not OK
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] string
The name of the database containing the linked-tables infrastructure.

See the Linked-tables infrastructure section in this document to see the benefits of this infrastructure, and for a quick way of creating this database and the needed tables.

If you are the only user of this phpMyAdmin installation, you can use your current database to store those special tables; in this case, just put your current database name in $cfg['Servers'][$i]['pmadb']. For a multi-user installation, set this parameter to the name of your central database containing the linked-tables infrastructure.
la verdad no se que hacer, hice como decianlos pasos que guardara los archivos de data y luego de instalar Mysql los instalara, pero no me funcionan correctamente mis aplicaciones, alguna pista de que pude hacer mal y como solucionarlo????

Esa configuración se refiere al soporte de tablas tipo InnoDB para Mysql .. Ese tipo de tablas son las que puedes usar claves foráneas y te respeta la "integridad referencial" de tus datos.

Al iniciar Mysql con ese tipo de tablas, se crean esos archivos que ahí reclama en la ruta que indiques.

Si no usas ese tipo de tablas (usas MyISAM por ejemplo que son las por defecto ..) .. omite ese mensaje y revisa el conf.php de phpMyadmin .. por què creo que hay otra directiva (variable) para deshabilitar dicho soporte y que no te marque ese aviso.

Un saludo,