Después de esta chapa os cuento mi problema. Al principio no usaba URLs amigables para motores de búsqueda ni mod_rewrite, con lo que google indexo todas mis paginas con /index.php/, ademas estaba generando un sitemap con las direcciones de esta manera.
Para solucionarlo hace un par de semanas, active el tema de direcciones amigables en joomla y el mod_rewrite y añadi una redireccion del tipo 301 quitando /index.php/, pero no desaparecian de google estas direcciones, hace unos dias ademas genere el robots.txt con la regla /index.php/, y efectivamente en las herramientas de google para webmaster me aparecen como restringidas... pero siguen sin desparecer.
No se si tengo que tener más paciencia, o puedo hacer algo más
