Redirecionamiento 301
 

Si en B pones un 301 a A y a los pocos meses lo kitas y haces en B una web nueva, pasa algo?

pasa algo en que sentido?
pasa algo con el servidor? con tu pagina? con los bucadores?

No pasa nada, cuando haces redirección 301 lo único que haces es sólo hacer mención a la página redirigida, al final de todo tu página no es nada.