Foros del web, para los que viven de bits

Hola miren tengo la siguiente duda, tengo un sitio web ya publicado y funcionando, pero constante mente le estoy realizando cambios que me piden, cada ves que genero cambios lo que hago es publicar de nuevo y copiarlo al servidor, osea reemplazo lo que ya esta, pero cuando hago estoy hay archivos XML que no quiero que se reemplacen o se pierdan y otros archivos también, no hay una forma de colocar en un sitio publicado por partes ósea actualizar solo algunas partes, intente remplazar un aspx así directo al ya publicado pero me mando si saben alguna forma se los agradecería mucho.

Aquí aparece algo similar

Cómo actualizo un cambio en mi .VB sin Generar mi Proyecto??

En cuanto al tema de XML se deberia anañizar algún mecanismo de actualización.

Saludos