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hola tengo lo siguiente y solo me muestra un registro y cuando hago una consulta en phpmyadmin cuando realizo la consulta me dan 2 registros espero que alguien me ayude a saber por que razon.

<?php
require_once 'funcionesdb.php';
$sql = "SELECT NomPro, sum(CanArt) as Cantidad, sum(CanArt*PreCom) as Total
FROM proveedor, compra, comart
WHERE compra.CveCom = comart.CveCom
AND compra.CvePro = proveedor.CvePro
GROUP BY NomPro";
$result = mysql_query($sql);
$row = mysql_fetch_array($result);
?>

<table width="65%" align="center">
<th bgcolor="#999999" >Nombre del Proveedor</th>
<th bgcolor="#999999" >Total de Articulos </th>
<th bgcolor="#999999">Importe Total </th>

<?php
while( $row = mysql_fetch_array($result))
{
$pre_mod = number_format($row['Total'],2);
echo '<tr><td width="150" align="center" height="40">'.$row['NomPro'].'</td>';
echo '<td width="100" align="center" height="40">'.$row['Cantidad'].'</td>';
echo '<td width="200" align="center">'.$pre_mod.'</td></tr>';
}
?>

Prueba con la siguiente consulta

SELECT NomPro, sum(CanArt) as Cantidad, sum(CanArt*PreCom) as Total
FROM proveedor
INNER JOIN compra ON (compra.CvePro = proveedor.CvePro)
INNER JOIN comart ON (compra.CveCom = comart.CveCom)
GROUP BY NomPro

Puedes probar también con LEFT JOIN o con RIGHT JOIN,
si tienes duda checa la documentación referente a JOIN

creo que estas recorriendo ya una vez antes de tu ciclo while (en la linea que comente) y por eso es que pierdes una de las lineas de tu consulta, intenta asi:
ahh por cierto es buena idea hacer uso de INNER, LEFT, OUTER JOIN, .... veras que hara la dirferencia cuando trabajes con tablas con hartos datos, cya